医药商学院综合实验室共有两间，其中综合实验室1建于2006年，位于教学楼4栋5楼402室，占地124平方米；综合实验室2始建于2018年，位于教学楼6栋304室，占地144平方米。两间实验室各拥有学生用机70台且都安装了SQL SERVER 2014数据库、金蝶K3/12.0 ERP系统和全功能的博星电子商务模拟平台以及统计学相关软件，此外综合实验室2使用了云桌面和配套集成管理系统，安装了金蝶创业之星V4.5和物流综合管理平台V1.0实验教学软件。
综合实验室是以电子商务、物流管理为主的专业实验室，旨在提高该专业学生的职业素质和就业能力。但建设目的是不仅让两个专业学生了解信息技术的基础知识，具有收集、传输、处理、应用电子商务信息的能力，同时也为其他专业的学生提供如企业生产和财务运营、产品营销、仓储配送、供应链管理、人才培训、办公自动化等模拟实验。
